Antes de la era de la genómica, las estimaciones de heredabilidad se realizaban utilizando datos de pedigrí. La recolección de datos para el análisis de pedigrí consume tiempo y conlleva el riesgo de datos incorrectos o incompletos. Con la disponibilidad de arrays basados en SNP, la heredabilidad ahora se puede estimar en función de los datos de genotipado. Utilizamos datos de arrays de SNP y 1.6 millones de datos de genotipos imputados con diferentes restricciones de frecuencia alélica menor para estimar las heredabilidades de la osteocondrosis disecante en las articulaciones del corvejón, el tarso y la rodilla de 446 caballos de sangre caliente hanoverianos. Las heredabilidades basadas en SNP se estimaron utilizando un método de máxima verosimilitud restringida genómica (GREML) y teniendo en cuenta los patrones de desequilibrio de ligamiento regional en el genoma equino. Además, empleamos GREML para datos familiares para tener en cuenta diferentes grados de parentesco en la población de estudio. Nuestros resultados indican que pudimos capturar una mayor proporción de varianza genética aditiva en comparación con las estimaciones basadas en pedigrí en la misma población de caballos hanoverianos. Las estimaciones de heredabilidad en la escala lineal para la osteocondrosis disecante del corvejón, el tarso y la rodilla fueron 0.41-0.43, 0.62-0.63 y 0.23-0.25, respectivamente, con errores estándar de 0.11-0.14. Tener en cuenta los patrones de desequilibrio de ligamiento tuvo un efecto ascendente en los datos imputados y un impacto descendente en los datos de genotipos del array de SNP. GREML para datos familiares resultó en estimaciones de heredabilidad más altas para la osteocondrosis disecante del corvejón y estimaciones ligeramente más altas para la osteocondrosis disecante del tarso, pero no tuvo efecto en la osteocondrosis disecante de la rodilla. Las estimaciones de heredabilidad más grandes y consistentes se obtuvieron cuando empleamos GREML para datos familiares con matrices de relación genómica ponderadas a través de patrones de desequilibrio de ligamiento regional. Se recomienda la estimación de heredabilidad basada en SNP para rasgos que solo se pueden fenotipar en muestras más pequeñas o que son rentables.