La inclusión de harina de soja fermentada microbiana en la alimentación de pollos de engorde ha inducido resultados ventajosos para su rendimiento y salud gastrointestinal al exhibir efectos probióticos. En este estudio, la harina de soja (SBM) fue sometida a una fermentación microbiana en dos etapas utilizando metabolitos funcionales de hongos y bacterias. En la dieta de los pollos de engorde, la DFSBM reemplazó a la SBM en un 0, 25, 50 y 100%. Se informó que la DFSBM tenía un mayor contenido de proteínas y aminoácidos esenciales, no esenciales y libres totales (aumentados en un 3.67%, 12.81%, 10.10% y 5.88 veces, respectivamente, en comparación con la SBM). Notablemente, la actividad de fitasa y las bacterias lácticas aumentaron, mientras que los contenidos de fibra, lípidos e inhibidores de tripsina disminuyeron en un 14.05%, 38.24% y 72.80%, respectivamente, en una dieta que contenía un 100% de DFSBM, en comparación con la SBM. Se observaron mejoras en el rendimiento de crecimiento y la digestibilidad aparente de nutrientes, incluyendo fósforo y calcio, y actividades de enzimas digestivas pancreáticas en grupos alimentados con niveles más altos de DFSBM. Además, niveles más altos de inclusión de DFSBM aumentaron la respuesta inmune en sangre (niveles de IgG, IgM, óxido nítrico y lisozima) y el estado antioxidante del hígado. Los genes que codifican transportadores de aminoácidos y péptidos en el yeyuno (LAT1, CAT-1, CAT-2, PepT-1 y PepT-2) fueron regulados al alza con el aumento de los niveles de DFSBM en la ración. La retención de proteínas crudas, calcio y fósforo en el músculo pectoral aumentó, especialmente en niveles más altos de inclusión de DFSBM. La carga de bacterias coliformes se redujo significativamente, mientras que el recuento de bacterias lácticas en los intestinos de los pollos de engorde aumentó con niveles dietéticos más altos de DFSBM. En conclusión, el reemplazo de SBM por DFSBM impactó positivamente en la utilización de la alimentación de los pollos de engorde y mejoró el transporte de aminoácidos en los pollos, además de mejorar el valor nutricional de su carne pectoral.