El salmón atlántico es uno de los peces más domesticados del mundo. A medida que aumentan los volúmenes de producción, se requiere acceso a fuentes de proteínas de alta calidad y sostenibles para los piensos formulados de este pez carnívoro. La harina de soja y las proteínas derivadas de la soja son las fuentes de proteínas dominantes en los piensos acuáticos comerciales debido a su bajo costo, disponibilidad y perfil de aminoácidos favorable. Sin embargo, para el salmón atlántico, la inclusión de harina de soja y concentrado de proteína de soja en ciertas combinaciones puede afectar la salud intestinal, lo que tiene consecuencias para la inmunidad y el bienestar, limitando el uso de productos de soja en los piensos para salmónidos. Este estudio buscó abordar este desafío evaluando dos mejoras dirigidas a la salud intestinal de la harina de soja para su inclusión en las dietas de salmón en fase de agua dulce: el pretratamiento enzimático y la adición de oligosacáridos de fructosa. Estos se compararon con harina de soja no tratada y harina de pescado. Este estudio adoptó un enfoque multidisciplinario, investigando el efecto en el rendimiento de crecimiento, el microbioma intestinal y los comportamientos relevantes para el bienestar en la acuicultura. Este estudio sugiere que ambas mejoras de la harina de soja proporcionan beneficios para el rendimiento de crecimiento en comparación con la harina de soja convencional. Ambos tratamientos de harina de soja alteraron los microbiomas intestinales de los peces y, en el caso del pretratamiento enzimático, aumentaron la presencia de las bacterias ácido lácticas. Por primera vez, se demostraron los efectos de las fuentes de proteínas marinas y de plantas en el estilo de afrontamiento del salmón. Los peces alimentados con harina de soja mostraron una tendencia a un comportamiento más reactivo en comparación con aquellos alimentados con el control basado en harina de pescado. Todos los peces tuvieron una respuesta similar baja al estrés inducido, aunque los peces alimentados con el pretratamiento enzimático respondieron de manera más activa que los alimentados con harina de soja no tratada en una medida de natación única. Además, los peces alimentados con harina de soja mostraron una menor repetibilidad de comportamiento, lo que puede indicar un bienestar disminuido para los peces criados intensivamente. Se discuten las implicaciones de estos hallazgos para la acuicultura comercial de salmónidos.