El coco es un cultivo importante en muchos países tropicales, siendo el endospermo uno de sus principales productos. Las variantes de endospermo blando de coco, el Makapuno y el Lono, están emergiendo como económicamente importantes. Esta revisión describe este cultivo, sus fenotipos de endospermo más destacados y las hipótesis prevalentes asociadas con estos. También recopilamos la literatura sobre el Makapuno y proporcionamos una revisión exhaustiva de la escasa información sobre el Lono. Revisamos los principios actuales de la metilación del ADN de las plantas y proporcionamos ejemplos de fenotipos alterados asociados con dichos cambios de metilación. Exploramos cómo los cambios en el metiloma afectan el desarrollo del endospermo y el proceso de cultivo de tejidos. Además, citamos la base epigenética de un fenotipo de endospermo alterado de una especie estrechamente relacionada con el coco, la palma de aceite. Discutimos cómo dichas modificaciones podrían afectar el desarrollo del endospermo de coco, dando lugar a los fenotipos Makapuno y Lono.