La mutación albina es uno de los fenómenos más comunes que a menudo causa un desequilibrio hídrico y altera las funciones fisiológicas en especies superiores de árboles. El albinismo ocurre con frecuencia en manzanas hibridadas, pero casi todas las plántulas mueren poco después de la germinación. En este estudio, se obtuvo un mutante albino espontáneo en árboles de manzana Fuji. Después del injerto de yemas, crecieron nuevos brotes albinos con hojas blanquecinas, aunque eran delgados, pequeños y morían fácilmente. El análisis de resecuenciación indicó que se obtuvieron un total de 49.37 Gbp de datos limpios de las muestras del mutante albino; su Q30 alcanzó el 91.43%, la tasa promedio mapeada fue del 93.69%, y la cobertura del genoma fue del 96.47% (con al menos una base cubierta). Las comparaciones de las secuencias de los mutantes albinos revelaron 4,817,412 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), 721,688 marcadores de inserción/deleción (InDels) y 43,072 variaciones estructurales (SVs). Los genes con SNPs no sinónimos, InDels y SVs en CDS se compararon con las bases de datos KEGG, GO, COG, NR y SwissProt, y se identificaron un total de 5700 genes variantes. Un total de 1377 genes mutantes tenían la información de anotación GO. Entre estos, 1520 genes mutantes tenían la anotación de vías y participaron en 123 vías. Un total de 1935 genes variantes fueron clasificados funcionalmente en 25 categorías COG. Investigaciones adicionales sobre estas variantes podrían ayudar a comprender el mecanismo regulador molecular del mutante albino de manzana. De manera similar, las variaciones en el gen homólogo (mutante albino o verde pálido 1), que se encontraba en el cromosoma 11 y pertenecía a la superfamilia de metiltransferasas dependientes de S-adenosil-L-metionina, pueden haber llevado a la generación de este mutante albino de manzana.