Los insectos se asocian generalmente con comunidades bacterianas intestinales que benefician a los hospedadores en lo que respecta a la digestión de la dieta, la limitación de la suplementación de recursos, la defensa contra patógenos y la expansión de nichos ecológicos. Los Heterópteros (verdaderos insectos) representan uno de los linajes de insectos más grandes y diversos y comprenden especies que consumen diferentes dietas y habitan varios nichos ecológicos, incluso bajo el agua. Sin embargo, las asociaciones simbióticas bacterianas se han caracterizado principalmente para aquellos restringidos a los chinches herbívoros de la infraorden Pentatomomorpha. La microbiota intestinal asociada con los linajes heterópteros megadiversos y las implicaciones de la variación ecológica y dietética siguen siendo en gran medida desconocidas. Aquí, realizamos una secuenciación de amplicones de 16S rRNA de la microbiota intestinal a través de 30 especies de verdaderos insectos representativas de diferentes nichos ecológicos y dietas. Se reveló que Proteobacteria y Firmicutes eran los filos bacterianos predominantes. Los hábitats ambientales y las dietas contribuyeron sinérgicamente a la diversidad de la comunidad bacteriana intestinal de los verdaderos insectos. Los verdaderos insectos que viven en ambientes acuáticos albergaban múltiples taxones bacterianos que no estaban presentes en sus contrapartes terrestres. Los verdaderos insectos carnívoros poseían una microbiota intestinal distinta en comparación con las especies fitófagas. En particular, los chinches asesinos de la familia Reduviidae poseían una microbiota intestinal caracterizada predominantemente compuesta por diferentes Proteobacteria, lo que implica una asociación específica entre las bacterias intestinales y el hospedador. En general, nuestros hallazgos destacan la importancia de la vigilancia integral de la asociación de la microbiota intestinal con los verdaderos insectos para comprender los mecanismos moleculares que sustentan la simbiosis insecto-bacteria.