Los hábitats bentónicos están vinculados por procesos físicos y son elementos esenciales para evaluar la dinámica de distribución de los insectos dípteros quironómidos y su rol en los ecosistemas acuáticos. Este trabajo presenta resultados de los patrones de distribución de larvas de quironómidos en 38 sitios abundantes en el sitio de estudio, que habitan el sustrato del cauce principal del río, rápidos, arroyos tributarios, lagos de llanura aluvial y embalses a lo largo del río Sepotuba, desde su desembocadura en el río Paraguay hasta la cabecera. Se registró un total de 1247 larvas. Los taxones más abundantes fueron Polypedilum (Tripodura) sp. (25,2%), Cricotopus sp.3 (23,0%) y Tanytarsus sp. (15,0%). Fissimentum desiccatum se encontró solo en el embalse; Fissimentum sp.2 y Tanytarsus cf. T. obiriciae sp.2 en lagos de llanura aluvial y Goeldichironomus sp. en el cauce principal. La baja diversidad de los sitios S06 y S35 se debe a la presencia casi exclusiva de la especie Cricotopus sp.3, sola o junto con algún otro taxón (Tanytarsus sp., Djalmabatista sp.3). Los colectores-filtradores representan el 16%, los colectores-recolectores el 15%, los depredadores el 11% y los raspadores solo el 1%. Los depredadores dominaron en el cauce secundario (±88 ind/m²), lo que corresponde al 40% del total de este grupo. Cryptochironomus sp.2 (34%) y Ablasbemyia gr. annulata (26%) fueron los depredadores más abundantes. Las diferencias a lo largo del curso del río son decisivas para la formación de comunidades distintas o discontinuas y los límites se hacen evidentes a través de las interrelaciones entre las poblaciones de la comunidad, como por ejemplo, la competencia por el alimento y el hábitat.