La haba (L.) es un ingrediente valioso en alimentos de origen vegetal, como análogos de carne y lácteos. Sin embargo, su sabor y aroma típicos se consideran sabores no deseados en estas aplicaciones alimentarias, lo que representa un obstáculo durante el procesamiento. Se necesita mejorar la cría para desarrollar variedades con sabores no deseados mínimos y alto contenido de proteínas. La regulación genética de estos rasgos está poco explorada. Para desentrañar su arquitectura genética, realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS). Un total de 245 accesiones de haba (la población CGN) fueron genotipadas utilizando el ensayo dirigido 90K-SPET. Estas accesiones fueron fenotipadas en 2021 y 2022 en los Países Bajos para proteínas, aceite, ácidos grasos, productos derivados de lípidos, ácidos fenólicos, flavonoides y taninos. La población CGN mostró una gran variación fenotípica y una heredabilidad de sentido estrecho moderada a alta para la mayoría de los rasgos. El entorno de cultivo afectó significativamente todos los rasgos, con interacciones específicas de rasgo por año (GxY). Los taninos condensados y los ácidos grasos fueron los más estables a lo largo de los dos años y tuvieron las estimaciones de heredabilidad más altas (> 0.6). GWAS identificó un total de 148 loci de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en 2021 y 167 en 2022. Los principales reguladores candidatos incluyeron genes involucrados en la biosíntesis de lípidos, transporte de aminoácidos para el almacenamiento de proteínas, y reguladores de la vía del fenilpropanoide, como un gen y factores de transcripción. Estos resultados allanan el camino para estudios de validación y aplicaciones biotecnológicas para mejorar la calidad de los alimentos a base de haba.