Gwas-based prediction of genes regulating the weight of mobilized reserved seeds in sweet corn
Autores: Yu, Yulin; Rizwan, Ahmad; Sun, Tao; Wang, Dongxing; Cui, Nini; Chen, Lei; Yu, Haibing; Cheng, Xinxin
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Gwas-based prediction of genes regulating the weight of mobilized reserved seeds in sweet corn
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Movilización de reservas de semillas
Maíz dulce
Análisis de asociación a nivel genómico
Genes candidatos
Peso del grano
Chip de SNP
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
La movilización de reservas de semillas es un proceso fisiológico crucial durante la germinación de semillas. Mejorar la movilización de reservas en el maíz dulce es vital para la germinación de semillas y el crecimiento de plántulas. En este estudio, se realizó un análisis de asociación a nivel genómico (GWAS) para predecir genes candidatos para regular el peso de semillas reservadas movilizadas (WMRS) y el peso del grano (KW) en maíz dulce. GWAS se realizó utilizando el modelo BLINK con el chip de SNP de maíz 56K. Los resultados indicaron que había una correlación positiva entre el WMRS y el KW, con coeficientes de variación del 68.18% y 44.63%. El análisis de asociación identificó trece SNPs asociados con dos rasgos, y el análisis de desequilibrio de ligamiento reveló que ocho de estos SNPs estaban en un fuerte enlace. Se identificaron un total de 298 genes candidatos dentro del intervalo de confianza, de los cuales 79 estaban anotados. Alrededor de 20 genes candidatos fueron identificados a través de la comparación de genes homólogos en Arabidopsis. Estos genes estaban enriquecidos en la regulación de la biogénesis de ribosomas, la transducción de señales, la síntesis de hormonas y los procesos de degradación del ARN. Este estudio proporciona información importante sobre los mecanismos genéticos que rigen los rasgos de germinación en el maíz dulce, ayudando a futuras investigaciones sobre la localización y clonación de genes involucrados en la movilización de materiales de reserva.
Descripción
La movilización de reservas de semillas es un proceso fisiológico crucial durante la germinación de semillas. Mejorar la movilización de reservas en el maíz dulce es vital para la germinación de semillas y el crecimiento de plántulas. En este estudio, se realizó un análisis de asociación a nivel genómico (GWAS) para predecir genes candidatos para regular el peso de semillas reservadas movilizadas (WMRS) y el peso del grano (KW) en maíz dulce. GWAS se realizó utilizando el modelo BLINK con el chip de SNP de maíz 56K. Los resultados indicaron que había una correlación positiva entre el WMRS y el KW, con coeficientes de variación del 68.18% y 44.63%. El análisis de asociación identificó trece SNPs asociados con dos rasgos, y el análisis de desequilibrio de ligamiento reveló que ocho de estos SNPs estaban en un fuerte enlace. Se identificaron un total de 298 genes candidatos dentro del intervalo de confianza, de los cuales 79 estaban anotados. Alrededor de 20 genes candidatos fueron identificados a través de la comparación de genes homólogos en Arabidopsis. Estos genes estaban enriquecidos en la regulación de la biogénesis de ribosomas, la transducción de señales, la síntesis de hormonas y los procesos de degradación del ARN. Este estudio proporciona información importante sobre los mecanismos genéticos que rigen los rasgos de germinación en el maíz dulce, ayudando a futuras investigaciones sobre la localización y clonación de genes involucrados en la movilización de materiales de reserva.