La frambuesa roja ( L.) es un cultivo de bayas de alto valor en expansión en todo el mundo. La presencia de espinas, protuberancias de tejidos epidérmicos carentes de vasos sanguíneos, en las cañas, pecíolos y en el envés de las hojas complica tanto el manejo en el campo como la cosecha. La utilización de cultivares con menos espinas o cañas libres de espinas simplifica la producción. Una población previamente generada que segregaba por espinas utilizando el locus entre el cultivar libre de espinas Joan J () y el cultivar con espinas Caroline () fue analizada para identificar la región genómica asociada con el desarrollo de espinas en la frambuesa roja. El genotipado por secuenciación (GBS) se combinó con un estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) utilizando el modelo de probabilidad de circulación unificada de modelo fijo y aleatorio (FarmCPU) para analizar 8474 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) e identificar marcadores significativos asociados con el rasgo libre de espinas. Un total de cuatro SNPs fueron identificados en el cromosoma 4 que estaban asociados con el fenotipo y estaban ubicados cerca o en genes anotados. Este estudio demuestra cómo la genética de asociación puede ser utilizada para descifrar el control genético de rasgos hortícolas importantes en , y proporciona información valiosa sobre la región genómica y los posibles genes subyacentes al rasgo libre de espinas.