Existen numerosos métodos y modelos de reconstrucción filogenética disponibles, pero ¿cuál deberías usar y por qué? Consideraciones importantes en análisis filogenéticos incluyen la calidad de los datos, la estructura, la señal, la longitud del alineamiento y el muestreo. Si se modelan de manera deficiente, la variación en las tasas de cambio a través de proteínas y linajes puede llevar a una reconstrucción filogenética incorrecta, lo que a su vez puede resultar en una mala interpretación de los datos subyacentes. El riesgo de elegir y aplicar un modelo inapropiado puede reducirse con algunos pasos críticos pero sencillos que se describen en este documento. Utilizamos la pregunta sobre la posición de la raíz de los mamíferos placentarios como nuestro ejemplo de trabajo para ilustrar el impacto topológico de la especificación errónea del modelo. Mediante este estudio de caso nos enfocamos en el uso de modelos en un marco bayesiano y delineamos los pasos involucrados en identificar y evaluar modelos que se ajusten mejor a conjuntos de datos específicos.