Las especies de Symbiodiniaceae son dinoflagelados que desempeñan un papel crucial en el mantenimiento del mutualismo simbiótico de los corales constructores de arrecifes en el océano. Los corales constructores de arrecifes, como anfitriones, proporcionan la nutrición y el hábitat a las especies de Symbiodiniaceae endosimbióticas, y las especies de Symbiodiniaceae transfieren el carbono fijado a los corales para su crecimiento. El estrés ambiental es uno de los factores que impactan la fisiología y el metabolismo de la asociación entre corales y dinoflagelados. El estrés ambiental desencadena cambios metabólicos en las especies de Symbiodiniaceae, lo que resulta en un aumento en la producción de orgánulos de supervivencia relacionados con componentes de almacenamiento como las gotas lipídicas (LD). Las LD se encuentran como orgánulos únicos, compuestos principalmente de triacilgliceroles rodeados de fosfolípidos incrustados con algunas proteínas. Hasta la fecha, se ha informado que la investigación de las gotas lipídicas, significativamente presentes en animales y plantas, ha llevado a la comprensión de que las gotas lipídicas desempeñan un papel clave en el almacenamiento y transporte de lípidos. El principal desafío de investigar las especies de Symbiodiniaceae endosimbióticas radica en superar las estrategias para aislar las gotas lipídicas menores presentes en sus células intercelulares. Aquí, revisamos los aspectos más recientes de la investigación sobre las LD en las especies de Symbiodiniaceae endosimbióticas, centrándonos particularmente en la biogénesis de las LD, el mecanismo y las principales proteínas de las gotas lipídicas. Además, para comprender posibles formas novedosas de almacenamiento de energía en la interacción simbiótica entre las especies de Symbiodiniaceae endosimbióticas y su anfitrión, también enfatizamos los recientes factores ambientales emergentes, como la temperatura, la acidificación del océano y los nutrientes, que impactan la acumulación de gotas lipídicas en las especies de Symbiodiniaceae endosimbióticas.