Los fitoalexinas son metabolitos de defensa de las plantas que se biosintetizan de manera transitoria en respuesta a patógenos. A pesar de que su biosíntesis está altamente restringida en los tejidos vegetales, los factores de transcripción que regulan negativamente la biosíntesis de fitoalexinas siguen siendo en gran medida desconocidos. Los gliceoilinas son fitoalexinas derivadas de isoflavonoides que tienen roles críticos en la protección de los cultivos de soja contra el patógeno oomiceto. Para identificar reguladores de la biosíntesis de gliceoilinas, utilizamos un enfoque de transcriptómica para buscar factores de transcripción que se coexpresan con la biosíntesis de gliceoilinas en soja y genes de fitoalexinas de sintasa de estibeno en la vid. Identificamos y caracterizamos funcionalmente la proteína de la familia WRKY GmWRKY72, que es uno de los cuatro factores de transcripción tipo WRKY72 de la soja. La sobreexpresión y el silenciamiento por interferencia de ARN en el sistema de raíces peludas de soja disminuyeron y aumentaron la expresión de los genes y metabolitos biosintéticos de gliceoilinas, respectivamente, en respuesta al elicitor de glucano de pared. Una fusión translacional con proteína verde fluorescente demostró que GFP-GmWRKY72 se localiza principalmente en el núcleo de las células de soja. La proteína GmWRKY72 interactúa directamente con varios promotores de genes biosintéticos de gliceoilinas y las proteínas de factores de transcripción de gliceoilinas GmNAC42-1 y GmMYB29A1 en sistemas híbridos de levadura. Los resultados muestran que GmWRKY72 es un regulador negativo de la biosíntesis de gliceoilinas que puede reprimir la expresión de genes biosintéticos al interactuar con proteínas de factores de transcripción y el ADN de los genes biosintéticos de gliceoilinas.