El s-metolacloro es un herbicida selectivo de pre-emergencia utilizado en tierras secas. Sin embargo, es difícil de emplear en campos de arroz debido a sus efectos fitotóxicos en el arroz. Como una fitohormona común, se infiere que la giberelina-3 (GA) tiene la capacidad de aliviar la fitotoxicidad del herbicida. Este estudio verificó cuantitativamente primero la fitotoxicidad del s-metolacloro en el arroz y luego demostró el efecto mitigador de la GA sobre estas reacciones adversas. Además, se construyó un transcriptoma de plántulas de arroz sometidas a diferentes tratamientos para ensamblar los genes de referencia, seguido de análisis comparativos de metabolómica y proteómica. La metabolómica reveló un enriquecimiento de metabolitos flavonoides en el grupo que añadió GA, y estos flavonoides pueden eliminar ROS en las plantas. El análisis proteómico indicó que las proteínas diferenciales estaban enriquecidas en la vía de biosíntesis de fenilpropanoides responsable de la síntesis de flavonoides y que las funciones de la mayoría de las proteínas diferenciales están asociadas con la peroxidasa. El proteoma, combinado con el transcriptoma, reveló que las expresiones de proteínas y genes estaban relacionadas con la actividad de POD en el grupo que añadió GA. Se especuló que la eliminación de ROS es clave para aliviar el estrés del s-metolacloro en el crecimiento del arroz. Se inferió que el mecanismo de la GA para aliviar la fitotoxicidad de la sustancia s-metolacloro es aumentando la actividad de la POD e influyendo en el crecimiento de las plántulas de arroz a través de la restauración de la síntesis de flavonoides. En este estudio, seleccionamos la GA como un protector para aliviar la fitotoxicidad del s-metolacloro en el arroz. Sobre esta base, se estudió el mecanismo de alivio de la fitotoxicidad. El rango de aplicación del s-metolacloro podría ampliarse, proporcionando un nuevo método suplementario para el control de malezas y la gestión de la resistencia a herbicidas.