Los agregados del suelo, que son altamente influenciados por la conversión de tierras, desempeñan roles clave en la distribución de nutrientes del suelo y la colonización microbiana. Sin embargo, el papel de los agregados del suelo en la configuración de las respuestas de la composición de la comunidad microbiana y las múltiples funciones del ecosistema, especialmente la multifuncionalidad del ecosistema (EMF), a la conversión de tierras sigue siendo poco comprendido. En este estudio, investigamos el impacto de la conversión de un huerto de longan (LO) a una plantación de té convencional (CTP) y una plantación de té orgánico (OTP) en la EMF del suelo a nivel de agregado y exploramos el mecanismo subyacente. Nuestros resultados mostraron que la EMF se redujo significativamente en la plantación de té convencional, con 3.44, 1.79 y 1.24 veces para macroagregados grandes, macro- y microagregados. En contraste, se conservó relativamente en la plantación de té orgánico. Especialmente, los microagregados con mayor biomasa microbiana apoyaron más EMF que los agregados más grandes bajo las condiciones de conversión de tierras. Se encontró que la EMF asociada con los agregados del suelo estaba regulada por las diferencias en el contenido de nutrientes y la composición de la comunidad microbiana. El análisis de bosques aleatorios, el análisis de redundancia y el análisis de Pearson indicaron que tanto los nutrientes del suelo como la composición de la comunidad microbiana dentro de los agregados del suelo determinaron conjuntamente la EMF. Este estudio destaca que la agregación del suelo influye en la estratificación de nutrientes y comunidades microbianas, lo que conduce a la diferente respuesta de la EMF relacionada con los agregados a la conversión de tierras.