El manejo del cultivo de café está guiado por un enfoque de aplicación de fertilizantes nitrogenados sintéticos para garantizar altas tasas de producción; sin embargo, este tipo de manejo aumenta la degradación del suelo. Se realizó un estudio para evaluar el impacto de cambiar el manejo nutricional del suelo de Químico (NPK) a Orgánico (Estiércol de Corral-FYM), y de Químico (NPK) a Mixto (NPK + FYM) en cuanto a las propiedades de calidad del suelo y el nitrógeno mineral disponible en los agroecosistemas de café; se llevó a cabo un análisis multi-espacial considerando un diseño unifactorial; se tomaron muestras de suelo de profundidades entre 0.10 y 0.20 m en 42 parcelas; se midieron variables físicas y químicas (amonio, nitratos, pH, materia orgánica, humedad, densidad aparente y textura). Se encontró que el Manejo Químico afecta las propiedades físicas y químicas de la calidad del suelo (materia orgánica, humedad, densidad aparente y pH), resultando en diferencias significativas ( < 0.05) en comparación con el Manejo Mixto y Orgánico. El nivel más bajo de materia orgánica se encontró bajo el manejo químico, siendo de 3% y aumentando hasta 4.41% bajo el manejo mixto. La disponibilidad de nitrógeno mineral en forma de amonio no se vio afectada por el manejo nutricional. Se encontró una mayor concentración de nitrato bajo el Manejo Mixto (105.02 mg NO kg), presentando diferencias significativas ( < 0.05) frente al Químico y Orgánico. No hubo diferencia significativa entre el Manejo Orgánico y Químico. El estudio permitió determinar que, a través del manejo nutricional orgánico del café, es posible mantener condiciones de calidad de suelo adecuadas para reducir la degradación del suelo y mantener el nitrógeno mineral disponible para el desarrollo de las plantas de café.