El artículo desarrolla los fundamentos conceptuales de la intelectualización natural y artificial de la empresa, así como la combinación de la inteligencia artificial y natural en la gestión de los procesos empresariales en el contexto de los desafíos modernos del entorno empresarial. Basándose en los métodos de diseño estructural, se desarrolla un modelo de sistema de la empresa como base para la gestión inteligente. Se destacan los efectos cuantitativos y cualitativos de los sistemas humano-cibernéticos, que son el resultado de la intelectualización de la gestión. Se consideran las posibilidades de utilizar métodos de gestión de desviación y perturbación en la gestión del estado de desarrollo de la empresa con el apoyo de la toma de decisiones y la implementación de un sistema de información inteligente. Se analizan las características de la toma de decisiones gerenciales durante la gestión inteligente de la empresa. Se destaca el lugar del factor humano en dicha gestión intelectual, en particular, en términos de mejorar la inteligencia de los empleados y la intelectualización natural de la empresa. Se destaca el problema de evaluar y prever el estado de desarrollo de la empresa en el contexto de la gestión intelectual. En este contexto, se justifica la conveniencia de utilizar métodos matemáticos de la teoría de procesos de Markov, utilizando sistemas de ecuaciones diferenciales de Kolmogorov y sus soluciones, utilizando métodos numéricos y productos de software aplicados. Esto permitió estudiar la dinámica de las probabilidades de estados y la estabilidad del desarrollo de empresas y sus empleados; la dinámica de las probabilidades de estados de procesos innovadores y tecnológicos; la eficiencia científica y tecnológica, ambiental, social y económica de un negocio. Para probar los modelos matemáticos propuestos para evaluar y predecir el estado de desarrollo de empresas y sus empleados, se llevaron a cabo estudios apropiados en el complejo sanatorio-resort en Truskavets (Ucrania).