La producción de mijo perla es importante en Namibia, en África subsahariana, debido a las condiciones de baja precipitación predominantes. La mayoría de los campos que apoyan la producción de cultivos en el norte de Namibia se encuentran en una red de humedales estacionales. El objetivo del presente estudio fue evaluar los efectos del aporcado y la aplicación de fertilizantes en el rendimiento y el crecimiento del mijo perla en los humedales estacionales bajo diferentes condiciones de lluvia. El estudio se realizó durante dos años (2017-2018) en los campos experimentales del norte de Namibia, y se evaluaron el rendimiento, los componentes del rendimiento y los parámetros de crecimiento en relación con la aplicación de diferentes fertilizantes (estiércol y mineral) con y sin surcos de aporcado. La aplicación de estiércol presentó el mayor rendimiento en 2018, mientras que la aplicación de fertilizante mineral mostró el mayor rendimiento en 2017. La proporción de lluvia fue mayor durante el período de crecimiento medio en 2017 y en la etapa reproductiva en 2018. Así, las plantas de mijo perla bajo fertilización con estiércol superaron el daño causado por el estrés por encharcamiento durante la etapa de ajuste de la semilla al mejorar las condiciones de nutrientes del suelo y de la planta. En contraste, las plantas bajo fertilización mineral fueron más tolerantes a grandes cantidades de lluvia durante el período de crecimiento medio. En este estudio, el rendimiento fue determinado principalmente por el peso seco total, y estuvo estrechamente relacionado con la densidad de panículas en ambos años. Por lo tanto, concluimos que la aplicación de fertilizantes, incluido un fertilizante adicional basado en el diagnóstico del crecimiento, podría ser importante para mejorar la producción de cultivos en humedales estacionales.