Las opciones de manejo de nutrientes se han contemplado como estrategias sostenibles para sostener los sistemas de producción de arroz-trigo y una opción factible para mantener el carbono orgánico del suelo (SOC) en los sistemas de suelo. Hipotetizamos que la fracción de carbono podría ser un factor crítico para mejorar el almacenamiento de carbono en sistemas de producción basados en cereales. Los resultados sugirieron que la adopción de leguminosas IPNS (alfalfa y caupí), STCR y OF mejoraron las concentraciones de SOC. Se observó que la contribución significativamente mayor (57%) en la concentración de carbono en carbono muy lábil (VLC) fue seguida por el carbono no lábil (NLC, 23%), carbono lábil (LC, 12%) y carbono menos lábil (LLC, 8%) en la capa superficial del suelo. Los resultados mostraron que la reserva de carbono variaba de 11.73 a 18.39 y de 9.95 a 11.75 t ha en las profundidades del suelo superficial y subsuperficial, respectivamente, y se mantuvo significativamente una reserva de carbono más alta en OF en ambas profundidades del suelo sobre las otras prácticas de manejo de nutrientes. Los resultados mostraron que para la capa superficial, las reservas de C se registraron en el siguiente orden (profundidad del suelo de 0-15 cm) OF (18.39 t ha) > IPNS + C (17.54 t ha) > IPNS + B (17.26 t ha) > IPNS (16.86 t ha) > STCR (15.54 t ha) > NPK (15.32 t ha) y control sin fertilizar (11.73 t ha). En general, los resultados sugirieron que la adopción de opciones de IPNS y la adición de leguminosas mejoraron significativamente todos los depósitos de carbono.