A pesar de los años de esfuerzos para mejorar la calidad del agua, las floraciones algales nocivas siguen siendo un fenómeno crónico, con devastadores impactos ambientales, económicos y sociales en muchas regiones del mundo. En este estudio, evaluamos la complejidad de la contaminación por nutrientes atribuida a las floraciones algales nocivas en el sur de Florida (EE. UU.) analizando 20 años de datos de flujo y nutrientes dentro de dos cuencas de cabecera en la cuenca del lago Okeechobee (LO). El estudio utilizó un método de regresión avanzada establecido, el método de Regresión Ponderada en el Tiempo, Descarga y Temporada (WRTDS), como marco de análisis para examinar el impacto de las prácticas de gestión de nutrientes en las tendencias de calidad del agua. El método WRTDS produjo tendencias de concentración y flujo de fósforo total (TP) y nitrógeno total (TN), que luego se compararon con los registros de gestión de nutrientes existentes e históricos dentro de la cuenca. Los resultados de este estudio destacan las divergencias en el progreso para mejorar la calidad del agua. Las prácticas de gestión de nutrientes solo tuvieron un impacto débil en las tendencias de flujo de TP y TN en una de las dos cuencas, donde el flujo de TP disminuyó un 2% por año y el flujo de TN disminuyó un 0.1% por año. El flujo de TP y TN aumentó en la segunda cuenca. Las variaciones en la mejora entre las dos cuencas son probablemente atribuibles a diferencias en la carga de fuentes puntuales contemporáneas y los reservorios de nutrientes heredados de entradas de fuentes no puntuales 20 años o más antes del período de análisis. Los impactos duraderos de los nutrientes heredados también enfatizan la necesidad de inversiones en tecnologías y prácticas que puedan retirar nutrientes del suelo y agua enriquecidos.