(1) Antecedentes: Mantener la fertilidad del suelo y la productividad de los cultivos utilizando la diversidad microbiana natural podría ser un enfoque viable para lograr un desarrollo sostenible en la agricultura. En este estudio, comparamos suelos de viñedos bajo manejo orgánico y convencional prediciendo perfiles funcionales a través de un análisis metagenómico basado en el gen 16S rRNA. (2) Métodos: Se analizaron la estructura, diversidad y funciones predictivas de las bacterias del suelo relacionadas con el ciclo biogeoquímico del suelo, incluyendo enzimas de ciclaje de C oxidativas e hidrolíticas, enzimas de ciclaje de N y enzimas de ciclaje de P. También se caracterizó la vegetación espontánea entre hileras en los viñedos orgánicos. (3) Resultados: Se evidenció un claro efecto del sistema de cultivo (orgánico vs. convencional) y del manejo de la cubierta (herbicidas más labranza, solo siega y siega más labranza) sobre la beta diversidad bacteriana y las funciones predichas. Mientras que la viticultura convencional aumentó la capacidad potencial del suelo para regular el ciclaje de formas inorgánicas de N, la viticultura orgánica en general mejoró aquellas funciones que involucran sustratos orgánicos de N, P y C. Aunque la comunidad bacteriana del suelo respondió de manera diferente a las estrategias de manejo del suelo contrastantes, las funciones de ciclaje de nutrientes y secuestro de carbono se mantuvieron preservadas, sugiriendo una alta redundancia funcional bacteriana en el suelo en cualquier caso. Sin embargo, la mayoría de las funciones bacterianas predichas relacionadas con la rotación de la materia orgánica del suelo fueron mejoradas por el manejo orgánico. (4) Conclusiones: Sostenemos el potencial de la viticultura orgánica para abordar adecuadamente la adaptación al cambio climático en el contexto de la agricultura sostenible.