La germinación es una medida efectiva para regular la acumulación de metabolitos secundarios en las plantas. En este estudio, optimizamos las condiciones de germinación del mijo perla mediante la metodología de superficie de respuesta. Mientras tanto, se midieron las características fisiológicas y la expresión génica para investigar el mecanismo de acumulación de flavonoides en el mijo perla en la etapa de germinación. Los resultados mostraron que cuando el tiempo de germinación fue de 5.7 días, la temperatura de germinación fue de 31.2 grados C y la duración de la luz fue de 17.5 horas, el contenido de flavonoides de los brotes de mijo fue el más alto (7.0 g/brote). Las actividades y la expresión génica relativa de las enzimas clave para la síntesis de flavonoides (fenilalanina amoníaco-liasa, 4-cumarato-coenzima A ligasa y cinamato 4-hidroxilasa) fueron significativamente más altas en los brotes de mijo perla germinados a 3 y 5 días en comparación con las semillas no germinadas (< 0.05). Además, la germinación mejoró las actividades de cuatro enzimas antioxidantes (catalasa, peroxidasa, superóxido dismutasa y ascorbato peroxidasa) y reguló al alza la expresión génica de . La germinación aumentó el contenido de malondialdehído en los brotes, lo que resultó en daño celular. Posteriormente, la capacidad antioxidante de los brotes se mejoró a través de la activación de enzimas antioxidantes y la regulación al alza de su expresión génica, así como la síntesis de sustancias activas, incluidos flavonoides, fenoles totales y antocianinas. Este proceso sirvió para aliviar la lesión celular inducida por la germinación. Estos hallazgos proporcionan una base de investigación para la regulación de la germinación del mijo perla y la mejora de sus propiedades nutricionales y funcionales.