La violenta erupción del volcán Krakatoa, ubicado en el estrecho de Sunda, Indonesia, en 1883, representa una de las erupciones más mortales en la civilización humana. Aunque se han reportado muchos datos, la trayectoria de la losa subducida y la estructura del manto superior debajo de este volcán aún se conocen bastante poco. Combinamos datos geoquímicos, elementos mayores, traza y tierras raras con tomografías sísmicas para caracterizar la estructura profunda del volcán Krakatoa en la unión de los sistemas de subducción de Sumatra y Java. Los datos geoquímicos están de acuerdo con la fusión parcial de la cuña del manto en estos sistemas de subducción, según estudios previos, y esta conclusión también está respaldada por inferencias del modelo tomográfico de ondas P. Mientras tanto, la imagen tomográfica de ondas S sugiere que la losa subducida ha sido intruida por material caliente de ascenso del manto. La presencia tanto de la fusión parcial de la cuña del manto como del ascenso del manto en el manto superior podría ser causada por el adelgazamiento de la losa subducida debajo del volcán Krakatoa.