La relación entre la biodiversidad y el funcionamiento del ecosistema (BEF) ha sido estudiada extensamente durante los últimos 30 años, principalmente en ecosistemas terrestres de plantas utilizando enfoques experimentales. Los estudios de campo en sistemas acuáticos son escasos y, al considerar los productores primarios, se centran principalmente en los ensamblajes de fitoplancton, mientras que los diatomeas bentónicas en ríos están considerablemente subestudiados en este aspecto. Realizamos un estudio de campo en nueve ríos en Grecia y combinamos los resultados observados en el campo con simulaciones de modelos. Probamos la hipótesis de que la relación diversidad-biomasa (como un sustituto del funcionamiento del ecosistema) en diatomeas bentónicas se vería afectada por factores abióticos y sería dependiente del tiempo debido a la naturaleza altamente dinámica de los ríos. De hecho, la geología jugó un papel importante en la forma de la relación BEF, que fue positiva en sustratos silíceos y ausente en sustratos calcáreos. La geología fue responsable de las concentraciones de nutrientes, que, a su vez, fueron responsables de la dominancia de rasgos funcionales específicos. Además, las simulaciones de modelos mostraron la dependencia temporal de la forma BEF, ya que los ensamblajes menos maduros tienden a presentar un BEF positivo. Este fue el primer estudio de campo a gran escala sobre la relación BEF de los ensamblajes de diatomeas bentónicas, ofreciendo información útil sobre la función y diversidad de estos ecosistemas y ensamblajes pasados por alto.