El objetivo de este estudio fue analizar los polimorfismos del gen de la beta-caseína y describir la asociación entre los genotipos de beta-caseína y la producción de leche en rebaños de vacas Holstein eslovacas de alta producción lechera. Se aisló ADN genómico de las muestras de raíces de pelo de 1478 vacas utilizando un kit de columna comercial. La detección de los alelos específicos A1 y A2 del gen se realizó utilizando tres métodos de biología molecular, incluido el ensayo de discriminación alélica TaqMan, ACRS-PCR y la tecnología de extensión de cebadores SBE. Los resultados del análisis molecular se utilizaron para calcular la estructura genética en la población analizada. Se detectaron los tres genotipos, incluyendo A1A1 (5,28%), A1A2 (37,08%) y A2A2 (57,64%). La frecuencia del alelo A1 fue del 23,82% y del alelo A2 fue del 76,18%. El análisis estadístico y la preparación de datos se realizaron utilizando el software SAS 9.2 Enterprise Guide 4.2. Se utilizó un modelo lineal general (GLM) y las medias de cuadrados mínimos ajustadas para comparaciones múltiples. Se encontró un efecto positivo significativo del genotipo de beta-caseína A2A2 en la proteína en kilogramos y parcialmente en el contenido de proteína en vacas Holstein. Solo se encontraron las medias de cuadrados mínimos más altas para el porcentaje de grasa para el genotipo A1A1 en comparación con el genotipo A2A2. Esto puede considerarse una tendencia ligeramente negativa.