La salinidad del suelo impone estrés osmótico, iónico y oxidativo a las plantas, lo que resulta en inhibición del crecimiento, cambios en el desarrollo, adaptaciones metabólicas y secuestro o exclusión de iones. Identificar recursos tolerantes a la salinidad y comprender los mecanismos fisiológicos y moleculares de la tolerancia a la salinidad podría sentar las bases para mejorar la tolerancia a la salinidad en el arroz. En este estudio, se investigaron una serie de rasgos morfológicos y fisiológicos relacionados con la tolerancia a la salinidad en 46 genotipos de arroz, incluyendo Sea Rice 86, para revelar las principales estrategias del arroz en respuesta al estrés por salinidad en la etapa de plántula. Ningún genotipo mostró el mismo nivel de tolerancia que las dos razas locales Pokkali y Nona Bokra, que siguen siendo los donantes para mejorar la tolerancia a la salinidad del arroz. Sin embargo, debido a rasgos agronómicos indeseables de estos donantes, se recomiendan cultivares alternativos como JC118S y R1 como nuevas fuentes de tolerancia a la salinidad. Los análisis de correlación y de componentes principales revelaron que la tolerancia a la salinidad de las plántulas de arroz no solo está controlada por el vigor de crecimiento, sino que también está regulada por vías de transporte de iones como el transporte de Na a larga distancia, el secuestro de Na en las raíces y la retención de K en las raíces. Por lo tanto, tales rasgos clave deberían ser el objetivo en futuros programas de mejoramiento, ya que la estrategia para obtener una mejor exclusión de Na sigue siendo el cuello de botella para mejorar la tolerancia a la salinidad en el arroz.