El efecto del cultivar de planta en el grado de micorrización y los beneficios mediado por los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) han sido documentados en muchos cultivos. En manzana, hay una amplia variedad de portainjertos disponibles comercialmente; sin embargo, no está claro si algunos genotipos de portainjertos son más susceptibles a la micorrización que otros y/o si la identidad de las especies de HMA influye en la compatibilidad del portainjerto. Este estudio aborda estas preguntas al probar directamente la capacidad/eficacia de cuatro especies diferentes de HMA para colonizar una variedad de genotipos de portainjertos de manzana de Ginebra disponibles comercialmente (G.11, G.41, G.210, G.969 y G.890). En resumen, las plantitas micropropagadas fueron inoculadas con especies individuales de HMA o no fueron inoculadas. Se evaluaron los efectos de la interacción genotipo de portainjerto/HMA en la micorrización, el crecimiento de la planta y/o las concentraciones de nutrientes en las hojas. Encontramos que tanto el genotipo de portainjerto como la identidad de los HMA son fuentes significativas de variación que afectan el porcentaje de colonización. Sin embargo, estos factores operan en gran medida de manera independiente en términos de la extensión de la colonización radicular. Entre los HMA probados, representaron los socios fúngicos más compatibles, independientemente del genotipo de portainjerto de manzana. Entre los portainjertos probados, los portainjertos semi-enanos parecían tener una ventaja sobre los portainjertos enanos en cuanto a establecer y mantener asociaciones con HMA. La absorción de nutrientes y los resultados del crecimiento de la planta también se vieron influenciados de manera específica según el genotipo de portainjerto/especie de HMA. Nuestros hallazgos sugieren que emparejar la genética del hospedador con especies de HMA compatibles tiene el potencial de mejorar las prácticas agrícolas en sistemas de vivero y huerto.