Bajo estrés o en condiciones óptimas, las plantas fomentan un gremio específico de microbios simbióticos para fortalecer funciones clave, incluida la regulación metabólica. A pesar de que el papel del genotipo de la planta en la selección microbiana está bien documentado, el potencial de este ensamblaje microbiano específico del genotipo en el mantenimiento de la homeostasis del huésped sigue siendo insuficientemente investigado. En este estudio, nuestro objetivo fue evaluar la especificidad de la respuesta metabólica foliar de genotipos de olivo contrastantes a la inoculación microbiana con consorcios de rizobacterias promotoras del crecimiento de plantas (PGPR) adaptadas a la humedad, para ver si las plantas previamente inoculadas con microbios indígenas o exógenos mostrarían algún cambio en su metaboloma foliar una vez sometidas a estrés por sequía. Se probaron dos variedades élite tunecinas, Chetoui (sensible a la sequía) y Chemleli (tolerante a la sequía), bajo condiciones controladas y estresadas. Las muestras de hojas se analizaron mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas (GC-TOFMS) para identificar metabolitos no dirigidos. Se utilizaron muestras de raíces y suelo para extraer ADN genómico microbiano destinado al perfilado de comunidades bacterianas mediante secuenciación de amplicones de 16S rRNA. Respectivamente, se aplicaron análisis de gráficos de puntuación, análisis de clúster, mapas de calor, diagramas de Venn y gráficos de Krona a los datos metabólicos y microbianos. Los resultados demostraron cambios dinámicos en el metaboloma foliar de la variedad Chetoui tanto en condiciones de estrés como de inoculación. En el estado óptimo, los consorcios de PGPR indujeron alteraciones notables en los patrones metabólicos de la variedad sensible, alineándose con la fitociencia observada en cultivares tolerantes a la sequía. Estas variaciones involucraron ácidos grasos, tocoferoles, fenoles, metoxifenoles, estibenoides, triterpenos y azúcares. Por otro lado, la variedad Chemleli, que mostraba perfiles metabólicos comparables, parecía no verse afectada por el estrés y la inoculación, probablemente debido a su capacidad de tolerancia. La distribución de especies microbianas entre tratamientos fue claramente desigual. Las plántulas probadas siguieron estrategias específicas de variedad en la selección de bacterias beneficiosas del suelo para aliviar el estrés. Se detectó una especie altamente abundante del inóculo adaptado a la humedad solo en condiciones óptimas para ambos cultivares, lo que convierte la historia de humedad del genotipo de la planta en un factor selectivo que moldea la comunidad microbiana y, por lo tanto, en una herramienta útil para predecir la actividad microbiana en grandes ecosistemas.