Desde principios del siglo XIX, se ha introducido una cantidad sustancial de germoplasma de jujube ( spp.) desde China y Europa a los Estados Unidos. Sin embargo, debido a la falta de datos de pasaporte, es común la mala etiquetación de cultivares y el fondo genético del germoplasma introducido sigue siendo desconocido. En el presente estudio, se empleó un array de SNP de baja densidad para genotipar 204 árboles de jujube muestreados de múltiples ubicaciones en Nuevo México, Texas, Missouri y Kentucky. El emparejamiento multilocus de los perfiles de SNP reveló una tasa significativa de redundancia genética entre estas muestras de jujube. Se detectaron un total de 14 grupos sinónimos, que comprenden 48 accesiones. El análisis de agrupamiento bayesiano y el árbol de vecino unieron el germoplasma de jujube de EE. UU. en dos clústeres principales. El primer clúster incluyó genotipos cultivados ( Mill.), mientras que el otro clúster principal comprendió el jujube silvestre/agrio ( Hu.). Los resultados también revelaron una población única de jujube en Fabens/Tornillo, Texas, y una población semi-naturalizada en Tucumcari, NM. Estos hallazgos proporcionarán una valiosa guía a los cultivadores e investigadores de jujube sobre la utilización efectiva del germoplasma de jujube en la industria hortícola.