Estudio de asociación de genoma completo utilizando genotipado por secuenciación para localizar loci de resistencia a la bacteriosis en arroz índica tailandés local
Autores: Danaisilichaichon, Chananton; Vejchasarn, Phanchita; Patarapuwadol, Sujin; Tondelli, Alessandro; Valè, Giampiero; Toojinda, Theerayut; Jantasuriyarat, Chatchawan
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Estudio de asociación de genoma completo utilizando genotipado por secuenciación para localizar loci de resistencia a la bacteriosis en arroz índica tailandés local
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Mancha bacteriana de las hojas
Estudio de asociación a nivel genómico
Polimorfismos de nucleótido único
Accesiones de arroz índica
Genes candidatos
Gen de resistencia
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 23
Citaciones: Sin citaciones
La bacteriosis del arroz (BLB) es una enfermedad devastadora causada por pv. (), que representa una amenaza significativa para la producción global de arroz. En este estudio, se realizó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando el enfoque de genotipado por secuenciación (GBS) para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) candidatos asociados con los genes de resistencia a BLB. El estudio utilizó 200 accesiones de arroz índica inoculadas con siete aislados distintos y filtró SNP altamente significativos utilizando una frecuencia alélica mínima (MAF) de >5% y una tasa de llamadas del 75%. Se utilizaron cuatro modelos estadísticos para explorar los posibles SNP asociados con la resistencia a BLB, lo que resultó en la identificación de 32 SNP significativos en los cromosomas 1-8 y 12 en el genoma del arroz. Además, se localizaron 179 genes dentro de +/-100 kb de la región del SNP, de los cuales 49 fueron seleccionados como genes candidatos basados en sus funciones conocidas en los mecanismos de defensa de las plantas. Se identificaron varios genes candidatos, incluidos dos genes en el mismo desequilibrio de ligamiento (LD) que el conocido gen de resistencia a BLB (). Estos hallazgos representan un recurso valioso para llevar a cabo estudios funcionales adicionales y desarrollar estrategias de cría novedosas para mejorar la resistencia del cultivo a esta enfermedad.
Descripción
La bacteriosis del arroz (BLB) es una enfermedad devastadora causada por pv. (), que representa una amenaza significativa para la producción global de arroz. En este estudio, se realizó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando el enfoque de genotipado por secuenciación (GBS) para identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) candidatos asociados con los genes de resistencia a BLB. El estudio utilizó 200 accesiones de arroz índica inoculadas con siete aislados distintos y filtró SNP altamente significativos utilizando una frecuencia alélica mínima (MAF) de >5% y una tasa de llamadas del 75%. Se utilizaron cuatro modelos estadísticos para explorar los posibles SNP asociados con la resistencia a BLB, lo que resultó en la identificación de 32 SNP significativos en los cromosomas 1-8 y 12 en el genoma del arroz. Además, se localizaron 179 genes dentro de +/-100 kb de la región del SNP, de los cuales 49 fueron seleccionados como genes candidatos basados en sus funciones conocidas en los mecanismos de defensa de las plantas. Se identificaron varios genes candidatos, incluidos dos genes en el mismo desequilibrio de ligamiento (LD) que el conocido gen de resistencia a BLB (). Estos hallazgos representan un recurso valioso para llevar a cabo estudios funcionales adicionales y desarrollar estrategias de cría novedosas para mejorar la resistencia del cultivo a esta enfermedad.