La llegada de las tecnologías de secuenciación de ADN de próxima generación (NGS) ha llevado al desarrollo de aplicaciones rápidas de detección de Polimorfismos de un Solo Nucleótido (SNP) a nivel genómico en varias especies de plantas. Las recientes mejoras en el rendimiento de la secuenciación, combinadas con una disminución general en los costos por gigabase de secuencia, están permitiendo que la NGS se aplique no solo a la evaluación de pequeños subconjuntos de líneas parentales endogámicas, sino también al mapeo y caracterización de rasgos de interés en poblaciones mucho más grandes. Tal enfoque, donde las secuencias se utilizan simultáneamente para detectar y puntuar SNPs, eludiendo así toda la etapa de desarrollo de ensayos de marcadores, se conoce como genotipado por secuenciación (GBS). Esta revisión resumirá el estado actual del GBS en plantas y las promesas que ofrece como una aplicación de genotipado a nivel genómico.