Letonia tiene dos razas locales: la Marrón Letona (LBG) y la Azul Letona (LZG), caracterizadas por una buena adaptación al clima local, longevidad y altos contenidos de grasa y proteína en la leche. Dado que estas son características deseadas en la industria láctea, este estudio investigó el trasfondo genético de las razas LBG y LZG e identificó los factores genéticos asociados con la mastitis. Se adquirieron muestras de sangre y semen, y luego se realizó una secuenciación del genoma completo para obtener una secuencia genómica con al menos 35x o 10x de cobertura. El análisis de heterocigosidad, diversidad de nucleótidos y LD indicó que las vacas LBG y LZG tienen niveles similares de diversidad genética en comparación con otras razas. Un análisis de la estructura poblacional reveló que cada raza se agrupó junta, pero la diferenciación general entre las razas fue pequeña. La mayor variación genética se observó en la raza LZG en comparación con la raza LBG. Nuestros resultados muestran que el SNP rs721295390 está asociado con la mastitis en la raza LBG, y los SNPs rs383806754, chr29:43998719CG>C, y rs462030680 están asociados con la mastitis en la raza LZG. Este estudio muestra que las razas locales letonas LBG y LZG tienen una diferenciación genética pronunciada, cada una sugiriendo su propio perfil de SNP asociado a la mastitis.