Un patógeno bacteriano de bivalvos ha mostrado virulencia dependiente de la cepa. Los mecanismos detrás de las variaciones en la patogenicidad de los bivalvos entre cepas han permanecido poco claros. Sin embargo, un análisis preliminar de los proteomas de los productos extracelulares (ECP) ha revelado diferencias en las composiciones de proteínas entre cepas de baja y alta virulencia; además de 1265 proteínas compartidas, se han identificado 127 proteínas específicas de una cepa de baja virulencia y 95 proteínas específicas de dos cepas de alta virulencia. Estudiamos además las proteínas ECP de las tres cepas desde perspectivas funcionales utilizando enfoques integrados de genómica y proteómica. Los resultados mostraron que el metabolismo de lípidos, la actividad de transportadores y las vías de transportadores de membrana estaban más enriquecidos en los ECP de las dos cepas de alta virulencia que en los de la cepa de baja virulencia. Además, se encontró que 73 de las 95 proteínas específicas de la cepa de alta virulencia tenían genes codificadores en el genoma, pero no se expresaron en la cepa de baja virulencia. Además, las comparaciones con factores de virulencia conocidos en la Base de Datos de Factores de Virulencia (VFDB) y la Base de Datos de Interacciones Patógeno-Hospedador (PHI-base) nos permitieron predecir más de 10 factores de virulencia en las categorías de actividad antimicrobiana/ventaja competitiva, el sistema de entrega de efectores y la modulación inmune, y las proteínas ECP específicas de la cepa de alta virulencia consistieron en un mayor porcentaje de factores de virulencia conocidos que la cepa de baja virulencia. En particular, se identificaron dos factores de virulencia, MtrC y KatG, en los ECP de las dos cepas de alta virulencia, pero no en los de la cepa de baja virulencia. La mayoría de los genes codificadores de las proteínas ECP, incluidos los factores de virulencia conocidos, se identificaron en el cromosoma 1. Nuestros hallazgos indican que las variaciones en la composición de factores de virulencia en los ECP bacterianos pueden explicar parcialmente las diferencias en la patogenicidad de los bivalvos entre cepas.