El pudú del sur es una especie de ciervo vulnerable afectada por amenazas antropogénicas y patógenos infecciosos. En este contexto, investigamos infecciones bacterianas que afectan a un pudú del sur admitido en un centro de rehabilitación de vida silvestre después de sufrir mordeduras de perro y quemaduras en las extremidades causadas por incendios forestales. Utilizando herramientas genómicas, caracterizamos una infección bacteriana triple que comprende ST224, ST145 y ST1365. Debido a su amplio resistoma y viruloma, un clon de ST224 progresó de una infección de tejidos blandos a una sepsis fatal. Este trabajo destaca la utilidad y precisión significativas de la investigación genómica y la microbiología forense en la comprensión del proceso de enfermedad infecciosa que amenaza a los animales salvajes.