El yellowhorn (Bunge) es una especie ornamental, medicinal y de aceite leñoso valiosa que es indígena de China. La mejora en la cría de yellowhorn se ha visto obstaculizada por la falta de marcadores adecuados y suficiente información sobre la diversidad molecular de esta especie. En este estudio, realizamos un análisis exhaustivo del genoma de yellowhorn para caracterizar los loci de repeticiones de secuencia simple (SSR). Se identificaron con éxito un total de 4,007,201 SSRs. Entre estos marcadores, los SSRs de mono-nucleótido fueron los más abundantes en el genoma, mientras que los SSRs de tri-nucleótido representaron la mayor proporción en las secuencias codificantes. El análisis de enriquecimiento funcional de GO y KEGG reveló que la mayoría de los loci SSR en las secuencias codificantes estaban asociados con funciones biológicas potenciales. Además, utilizamos 30 pares de cebadores para amplificar marcadores SSR y obtener una mejor comprensión de la variación genética en los germoplasmas de yellowhorn. Los valores promedio de heterocigosidad observada y contenido de información de polimorfismo fueron 0.625 y 0.517, respectivamente. El análisis de estructura poblacional, filogenia y componentes principales identificó dos subclústeres distintos. Además, los germoplasmas de yellowhorn con la misma distribución geográfica tendieron a agruparse. Además, un total de 26 colecciones centrales de yellowhorn, que representaron aproximadamente el 14.94% del total de germoplasmas de yellowhorn, representaron efectivamente la diversidad genética de todos los germoplasmas originales. Nuestros hallazgos no solo revelaron la diversidad genética y la estructura poblacional de los germoplasmas de yellowhorn, sino que también investigaron la colección central de yellowhorn, que servirá como una base sólida para la gestión y mejora genética del yellowhorn.