Los murciélagos son reservorios naturales de diversos virus, pero rara vez desarrollan enfermedades, lo que sugiere adaptaciones antivirales únicas. En este estudio, realizamos un análisis genómico integral en el murciélago vampiro común, integrando genómica comparativa, anotación funcional, descubrimiento de microARN (miARN), predicción de objetivos y análisis basados en redes. El análisis genómico comparativo reveló que presenta la mayor homología proteica (97.4%) con . La alineación de factores reguladores de interferón (IRFs) indicó una fuerte conservación de IRF1, IRF5 e IRF8, mientras que IRF4 e IRF7 mostraron divergencia, reflejando una modulación específica de los murciélagos de la señalización de interferón. La anotación funcional de proteínas previamente no caracterizadas identificó elementos relacionados con la inmunidad, incluidos el receptor tipo Toll 4, la sincitina-1 y secuencias retrovirales endógenas, destacando la integración de componentes virales en la inmunidad del hospedador. Además, identificamos 19 nuevos miARN en , con genes objetivo de alta confianza como , , y que participan en la defensa antiviral, regulación de la apoptosis y respuesta al estrés oxidativo. Los análisis de enriquecimiento funcional revelaron procesos asociados con la cicatrización de heridas, supresión de la apoptosis, respuesta a infecciones y longevidad. El análisis de entropía de la red destacó hubs regulatorios centrales, incluidos , , y , que influyen en el ciclo celular, la supervivencia y el equilibrio inmunológico. En conjunto, estos resultados demuestran que emplea una red reguladora integrada que combina factores inmunes conservados, divergencia genética específica de linaje y ajuste fino mediado por miARN para lograr tolerancia viral sin patología. Este estudio amplía nuestra comprensión de la biología antiviral de los murciélagos y proporciona candidatos moleculares para futuras investigaciones funcionales y traslacionales.