El tamaño corporal puede impulsar la evolución molecular de los genes mitocondriales en respuesta a los cambios en los requerimientos energéticos entre especies de diferentes tamaños. En este estudio, realizamos un análisis de presión de selección y contrastes independientes filogenéticos (PIC) para investigar la asociación entre la evolución molecular de los genes codificadores de proteínas del genoma mitocondrial (PCGs de mtDNA) y el tamaño corporal en Cetartiodactyla terrestres. Al emplear el análisis de presión de selección, observamos que la tasa promedio de relación de sustitución no sinónima/sinónima de los PCGs de mtDNA se reduce significativamente en especies de cuerpo pequeño en relación con sus contrapartes medianas y grandes. El análisis de PIC confirma además que los valores están correlacionados positivamente con el tamaño corporal (R = 0.162, p = 0.0016). Nuestros resultados sugieren que los PCGs de mtDNA de especies de cuerpo pequeño experimentan una selección purificadora mucho más fuerte, ya que necesitan mantener una tasa metabólica elevada. Por otro lado, las especies de cuerpo más grande pueden enfrentar presiones selectivas menos estrictas sobre sus PCGs de mtDNA, posiblemente debido a un menor gasto energético relativo por unidad de masa. Además, identificamos varios genes que experimentan selección positiva, posiblemente vinculados a la adaptación de las especies a entornos específicos. Por lo tanto, a pesar de que la selección purificadora es la fuerza predominante en la evolución de los PCGs de mtDNA, la selección positiva también puede ocurrir durante el proceso de evolución adaptativa.