Genómica insight into sp. nov. aislado de suelo y su supuesto nuevo péptido lasso de clase II
Autores: Jin, Chun-Zhi; Lee, Jong Min; Kim, Chang-Jin; Lee, Hyung-Gwan; Shin, Kee-Sun
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Genómica insight into sp. nov. aislado de suelo y su supuesto nuevo péptido lasso de clase II
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Bioingeniería
Palabras clave
Cepa
AN120528
Género
Análisis filogenético
Menaquinonas
ácidos grasos
Genoma
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 43
Citaciones: Sin citaciones
La cepa designada como AN120528 fue aislada del suelo de un campo en Corea del Sur. Esta cepa crece bien en medio R2A a 28 grados Celsius. Las células son de color blanco apagado y no tienen hifas. El análisis filogenético indicó que la cepa es miembro del género con una similitud del 98.11% con KC615 y del 97.05% con KCTC 9933, respectivamente. La cepa AN120528 comparte características quimiotaxonómicas comunes con las otras dos cepas tipo en el género. Tiene MK-9 (H) y MK-10 (H) como sus menaquinonas predominantes. Los ácidos grasos principales son -C, -C, -C y -C. (DPG), (PE), (PG), (L) y (AL) fueron identificados como los principales lípidos polares celulares. El análisis del peptidoglicano mostró la presencia de ácido meso-diaminopimélico. El secuenciamiento del genoma completo reveló que el genoma de la cepa tiene aproximadamente 3.3 Mbp de tamaño. La cepa mostró una identidad promedio de nucleótidos (ANI) del 77.5% con KC615. El contenido de G + C del ADN genómico (gDNA) es del 39.0%. Basándose en un análisis taxonómico polifásico, se propone que esta cepa, AN120528, representa una especie nueva en el género, designada como sp. nov. La cepa tipo es AN120528 (=KCTC 39810 = DSM 103571). Además, se descubrió el shimazuellin I, un nuevo péptido de 15 aminoácidos, en el AN120528 a través de la minería genómica; tiene las características de un péptido lasso, que contiene ocho aminoácidos (-G-Q-G-G-S-N-N-D-) que forman un anillo de macrolactama y siete aminoácidos (-D-G-W-Y-H-S-K-) que forman una cola.
Descripción
La cepa designada como AN120528 fue aislada del suelo de un campo en Corea del Sur. Esta cepa crece bien en medio R2A a 28 grados Celsius. Las células son de color blanco apagado y no tienen hifas. El análisis filogenético indicó que la cepa es miembro del género con una similitud del 98.11% con KC615 y del 97.05% con KCTC 9933, respectivamente. La cepa AN120528 comparte características quimiotaxonómicas comunes con las otras dos cepas tipo en el género. Tiene MK-9 (H) y MK-10 (H) como sus menaquinonas predominantes. Los ácidos grasos principales son -C, -C, -C y -C. (DPG), (PE), (PG), (L) y (AL) fueron identificados como los principales lípidos polares celulares. El análisis del peptidoglicano mostró la presencia de ácido meso-diaminopimélico. El secuenciamiento del genoma completo reveló que el genoma de la cepa tiene aproximadamente 3.3 Mbp de tamaño. La cepa mostró una identidad promedio de nucleótidos (ANI) del 77.5% con KC615. El contenido de G + C del ADN genómico (gDNA) es del 39.0%. Basándose en un análisis taxonómico polifásico, se propone que esta cepa, AN120528, representa una especie nueva en el género, designada como sp. nov. La cepa tipo es AN120528 (=KCTC 39810 = DSM 103571). Además, se descubrió el shimazuellin I, un nuevo péptido de 15 aminoácidos, en el AN120528 a través de la minería genómica; tiene las características de un péptido lasso, que contiene ocho aminoácidos (-G-Q-G-G-S-N-N-D-) que forman un anillo de macrolactama y siete aminoácidos (-D-G-W-Y-H-S-K-) que forman una cola.