Un recurso de genómica para 12 algas comestibles para predecir péptidos secretados por algas con potencial función anticancerígena
Autores: Liu, Yining; Cummins, Scott F.; Zhao, Min
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Un recurso de genómica para 12 algas comestibles para predecir péptidos secretados por algas con potencial función anticancerígena
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Algas
Compuestos
Genómica
Proteínas
Cáncer
Metabolómica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
Las algas marinas son macroalgas multicelulares con compuestos naturales que tienen potencial actividad anticancerígena. Hasta la fecha, la identificación de esos compuestos se ha basado en la purificación y ensayos, pero pocos han sido documentados. Además, los genomas y proteomas asociados de las algas comestibles que se han identificado hasta ahora están dispersos entre diferentes recursos y no hay un resumen sistemático disponible, lo que dificulta el desarrollo de un análisis ómico a gran escala. Para facilitar esto, construimos un recurso genómico integral para las algas comestibles. Estos datos podrían ser utilizados para metabolómica sistemática y una búsqueda de proteomas para compuestos y péptidos anticancerígenos. En resumen, integramos y anotamos 12 genomas de algas comestibles disponibles públicamente (8 especies y 268,071 proteínas). Además, integramos los nuevos recursos genómicos de algas con pipelines bioinformáticos de cáncer establecidos para ayudar a identificar proteínas de algas potenciales que podrían ayudar a mitigar el desarrollo del cáncer. Presentamos 7892 dominios de proteínas que se predijo que estaban asociados con proteínas cancerígenas basadas en una interacción dominio-dominio de proteínas. Las familias de proteínas más enriquecidas estaban asociadas con la fosforilación de proteínas y la señalización de insulina, ambos reconocidos como componentes moleculares cruciales para la supervivencia de los pacientes en varios cánceres. Además, encontramos 6692 proteínas de algas que podrían interactuar con más de 100 proteínas supresoras de tumores, de las cuales 147 se predicen que son proteínas secretadas. En conclusión, nuestro recurso genómico no solo puede ser útil para explorar las características genómicas de estas algas comestibles, sino que también puede proporcionar una nueva vía para explorar los mecanismos moleculares para la inhibición asociada de algas en el desarrollo del cáncer humano.
Descripción
Las algas marinas son macroalgas multicelulares con compuestos naturales que tienen potencial actividad anticancerígena. Hasta la fecha, la identificación de esos compuestos se ha basado en la purificación y ensayos, pero pocos han sido documentados. Además, los genomas y proteomas asociados de las algas comestibles que se han identificado hasta ahora están dispersos entre diferentes recursos y no hay un resumen sistemático disponible, lo que dificulta el desarrollo de un análisis ómico a gran escala. Para facilitar esto, construimos un recurso genómico integral para las algas comestibles. Estos datos podrían ser utilizados para metabolómica sistemática y una búsqueda de proteomas para compuestos y péptidos anticancerígenos. En resumen, integramos y anotamos 12 genomas de algas comestibles disponibles públicamente (8 especies y 268,071 proteínas). Además, integramos los nuevos recursos genómicos de algas con pipelines bioinformáticos de cáncer establecidos para ayudar a identificar proteínas de algas potenciales que podrían ayudar a mitigar el desarrollo del cáncer. Presentamos 7892 dominios de proteínas que se predijo que estaban asociados con proteínas cancerígenas basadas en una interacción dominio-dominio de proteínas. Las familias de proteínas más enriquecidas estaban asociadas con la fosforilación de proteínas y la señalización de insulina, ambos reconocidos como componentes moleculares cruciales para la supervivencia de los pacientes en varios cánceres. Además, encontramos 6692 proteínas de algas que podrían interactuar con más de 100 proteínas supresoras de tumores, de las cuales 147 se predicen que son proteínas secretadas. En conclusión, nuestro recurso genómico no solo puede ser útil para explorar las características genómicas de estas algas comestibles, sino que también puede proporcionar una nueva vía para explorar los mecanismos moleculares para la inhibición asociada de algas en el desarrollo del cáncer humano.