El presente estudio tuvo como objetivo caracterizar los marcadores de repetición de secuencias simples en algodón utilizando las etiquetas de secuencia expresada de algodón. Un total de 111 marcadores moleculares polimórficos EST-SSR con motivos trinucleotídicos se utilizaron para evaluar los 79 accesiones de L. (, 59 y , 20) recolectadas de las Islas Galápagos. El número de alelos varió de uno a siete, con un valor promedio de 2.85 alelos por locus, mientras que los valores de contenido de información de polimorfismo variaron de 0.008 a 0.995, con un promedio de 0.520. El poder de discriminación es alto para la mayoría de los SSR, con un valor promedio de 0.98. Entre 111 pares de EST-SSR y gSSR, un total de 49 marcadores, que comprenden nueve DPL, uno de MonCGR, MUCS0064 y NAU1028, y 37 SWUs (genoma D), resultaron ser los mejores aciertos coincidentes, similares a los 155 genes identificados por BLASTx en el genoma de referencia de L. y Ulbr. Los genes relacionados , , , y revelaron una expresión altamente significativa 10, 15, 18, 21 y 28 días después de la antesis del desarrollo de la fibra. Los marcadores EST-SSR y gSSR identificados pueden ser utilizados de manera efectiva para mapear genes funcionales de poblaciones segregantes de algodón, identificación de QTL y selección asistida por marcadores en programas de mejora del algodón.