El lichi (Sonn.) es un cultivo frutal de gran valor que se cultiva ampliamente en áreas tropicales y subtropicales del mundo. Estudiar su diversidad genética y estructura poblacional es fundamental para programas de conservación y mejora efectivos. En este estudio, desarrollamos 150 marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) que estaban distribuidos uniformemente a lo largo del genoma del lichi y los aplicamos a la evaluación de la diversidad genética de 84 accesiones de lichi, incluyendo cultivares antiguos, cultivares modernos, híbridos de padres conocidos y accesiones silvestres. Se utilizaron noventa y un marcadores SNP, que mostraron altos niveles de polimorfismo y altas tasas de éxito en genotipificación, para un análisis más detallado. Los nuevos marcadores SNP capturaron un nivel relativamente más alto de diversidad genética (He = 0.364) en los cultivares de lichi y podrían aplicarse con éxito para la identificación de cultivares sinónimos e híbridos con antecedentes genéticos cercanos. El análisis de agrupamiento agrupó todos los genotipos en tres clústeres que mostraron una asociación perfecta con su período de maduración de frutos, entre los cuales las accesiones silvestres se agruparon con sus cultivares domesticados correspondientes, y los híbridos de diferentes combinaciones parentales mostraron diferentes tendencias de herencia. Nuestro estudio no solo proporcionó un conjunto de marcadores SNP eficientes para futuras investigaciones genéticas, sino que también sentó una base importante para la conservación y mejora genética del lichi.