Entender la variación genética en el ganado es esencial para aprovechar rasgos económicamente importantes como la calidad de la carne, la reproducción y la resistencia a enfermedades. Mientras que la mayoría de los estudios se han centrado en los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), este estudio investigó pequeñas inserciones y deleciones (indel) y variantes estructurales (SVs) en cinco razas de ganado nativas de Hubei, China. La secuenciación del genoma completo de 98 individuos identificó más de 5 millones de inserciones y deleciones, muchas de las cuales se encontraban en regiones no codificantes pero que aún estaban asociadas con rasgos clave. Varias variantes, particularmente en regiones ricas en genes inmunes, estaban vinculadas a la salud y la calidad de la carne. Nuestro análisis también reveló que los elementos transponibles y las repeticiones simples contribuyeron significativamente a estas diferencias estructurales. Una inserción notable en el gen, que juega un papel en la remodelación ósea al promover la maduración de los osteoclastos y mejorar su actividad metabólica, fue validada mediante PCR. Estos hallazgos mejoran nuestra comprensión de la variación estructural y ofrecen recursos valiosos para la mejora genética de las razas de ganado indígena chino.