Genómica filogenia utilizando el clasificador Maxwell basado en la transformación de Burrows-Wheeler
Autores: Demongeot, Jacques; Gardes, Joël; Maldivi, Christophe; Boisset, Denis; Boufama, Kenza; Touzouti, Imène
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Genómica filogenia utilizando el clasificador Maxwell basado en la transformación de Burrows-Wheeler
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Sistemas
Palabras clave
Anillo
Genoma
ARN
Péptidos
Evolución
Clasificador
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 19
Citaciones: Sin citaciones
Antecedentes: En los genomas actuales, aparecen reliquias de un ARN circular que podrían haber desempeñado un papel central como catalizador primitivo de la génesis de péptidos. Métodos: Utilizando una medida de proximidad a este ARN circular y la distancia, se ha construido un nuevo clasificador no supervisado llamado Maxwell basado en el algoritmo de transformación de Burrows-Wheeler. Resultados: Al aplicar el clasificador a numerosos genomas de diversos reinos (Bacterias, Arqueas, Vegetales y Animales), obtenemos árboles filogenéticos que son coherentes con árboles biológicos basados en argumentos evolutivos puros. Discusión: Discutimos el papel de los operadores combinatorios responsables de la evolución del genoma de muchas especies. Conclusiones: Hemos abierto posibilidades para entender los mecanismos de una fábrica primitiva de péptidos representada por un anillo de ARN. Mostramos que este anillo fue capaz de transmitir algunas de sus subsecuencias en las secuencias de genes involucrados en los mecanismos de la producción ribosomal actual de proteínas.
Descripción
Antecedentes: En los genomas actuales, aparecen reliquias de un ARN circular que podrían haber desempeñado un papel central como catalizador primitivo de la génesis de péptidos. Métodos: Utilizando una medida de proximidad a este ARN circular y la distancia, se ha construido un nuevo clasificador no supervisado llamado Maxwell basado en el algoritmo de transformación de Burrows-Wheeler. Resultados: Al aplicar el clasificador a numerosos genomas de diversos reinos (Bacterias, Arqueas, Vegetales y Animales), obtenemos árboles filogenéticos que son coherentes con árboles biológicos basados en argumentos evolutivos puros. Discusión: Discutimos el papel de los operadores combinatorios responsables de la evolución del genoma de muchas especies. Conclusiones: Hemos abierto posibilidades para entender los mecanismos de una fábrica primitiva de péptidos representada por un anillo de ARN. Mostramos que este anillo fue capaz de transmitir algunas de sus subsecuencias en las secuencias de genes involucrados en los mecanismos de la producción ribosomal actual de proteínas.