Perspectivas Genómicas sobre la Producción de Ácidos Grasos Poliinsaturados Omega-3 por sp. N2AIL del Intestino de Pescado
Autores: Chaudhary, Anchal; Ketkar, Omkar Avinash; Irfan, Sayed; Rana, Varnika; Rahi, Praveen; Deshmukh, Rupesh; Kaur, Jagdeep; Dhar, Hena
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Perspectivas Genómicas sobre la Producción de Ácidos Grasos Poliinsaturados Omega-3 por sp. N2AIL del Intestino de Pescado
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Género
Metabolitos
Bacteria
Genoma
Genes
EPA
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 17
Citaciones: Sin citaciones
El género está ampliamente distribuido en nichos que van desde un ambiente acuático hasta pescado en mal estado y está cargado de varios metabolitos ecológica y comercialmente importantes. Las especies bacterianas de este género encuentran aplicación en la generación de bioelectricidad y bioremediación debido a su capacidad para utilizar contaminantes como aceptores finales de electrones y podrían producir ácidos grasos omega-3 beneficiosos para la salud, particularmente el ácido eicosapentaenoico (EPA). Aquí se informa sobre la secuencia del genoma de una bacteria productora de EPA, sp. N2AIL, aislada del tracto gastrointestinal del pez Tilapia. El tamaño del genoma de la cepa fue de 4.8 Mb con un contenido de GC del 46.3%, conteniendo 4385 genes codificadores de proteínas. El análisis taxonogenómico asignó esta cepa al género sobre la base de la identidad promedio de nucleótidos (ANI) y la hibridación in silico de ADN-ADN (DDH), siendo filogenéticamente más cercana a . NCTC 10735. El análisis comparativo del genoma con la cepa tipo de . reveló 693 genes únicos en la cepa N2AIL, destacando la variación a nivel de cepa. Se identificaron en el genoma los genes asociados con la adaptación al estrés, la producción de metabolitos secundarios, la resistencia a antibióticos y la reducción de metales, sugiriendo el potencial de la bacteria para ser explorada como una cepa industrialmente importante. También se identificó en la cepa N2AIL un clúster de genes de sintasa de PUFA de tamaño ~20.5 kb que comprende todos los dominios esenciales para la biosíntesis de EPA dispuestos en cinco ORFs. El estudio proporciona información genómica sobre los diversos genes de sp. N2AIL, que están particularmente involucrados en estrategias de adaptación y en la prospectiva del potencial de metabolitos secundarios, específicamente en la biosíntesis de ácidos grasos poliinsaturados omega-3.
Descripción
El género está ampliamente distribuido en nichos que van desde un ambiente acuático hasta pescado en mal estado y está cargado de varios metabolitos ecológica y comercialmente importantes. Las especies bacterianas de este género encuentran aplicación en la generación de bioelectricidad y bioremediación debido a su capacidad para utilizar contaminantes como aceptores finales de electrones y podrían producir ácidos grasos omega-3 beneficiosos para la salud, particularmente el ácido eicosapentaenoico (EPA). Aquí se informa sobre la secuencia del genoma de una bacteria productora de EPA, sp. N2AIL, aislada del tracto gastrointestinal del pez Tilapia. El tamaño del genoma de la cepa fue de 4.8 Mb con un contenido de GC del 46.3%, conteniendo 4385 genes codificadores de proteínas. El análisis taxonogenómico asignó esta cepa al género sobre la base de la identidad promedio de nucleótidos (ANI) y la hibridación in silico de ADN-ADN (DDH), siendo filogenéticamente más cercana a . NCTC 10735. El análisis comparativo del genoma con la cepa tipo de . reveló 693 genes únicos en la cepa N2AIL, destacando la variación a nivel de cepa. Se identificaron en el genoma los genes asociados con la adaptación al estrés, la producción de metabolitos secundarios, la resistencia a antibióticos y la reducción de metales, sugiriendo el potencial de la bacteria para ser explorada como una cepa industrialmente importante. También se identificó en la cepa N2AIL un clúster de genes de sintasa de PUFA de tamaño ~20.5 kb que comprende todos los dominios esenciales para la biosíntesis de EPA dispuestos en cinco ORFs. El estudio proporciona información genómica sobre los diversos genes de sp. N2AIL, que están particularmente involucrados en estrategias de adaptación y en la prospectiva del potencial de metabolitos secundarios, específicamente en la biosíntesis de ácidos grasos poliinsaturados omega-3.