Las ovejas Istrianas (IS) y las ovejas de Pag (PS) son razas locales croatas que proporcionan ingresos significativos para la economía regional y tienen una importancia cultural y tradicional para los habitantes. El objetivo de este estudio fue estimar algunos parámetros genéticos específicos de la población en IS (N = 1293) y PS (N = 2637) basados en SNPs a nivel genómico. Las estimaciones del tamaño efectivo de población en desequilibrio de ligamiento (N) evidenciaron más variabilidad genética en PS (N = 838) en comparación con IS (N = 197), independientemente del tiempo histórico (tanto la variabilidad genética reciente como la antigua). La discrepancia en la variabilidad genética reciente entre estas razas fue confirmada adicionalmente por las estimaciones de endogamia genómica (F), que se estimó que era notablemente más alta en IS (F = 0.062) que en PS (F = 0.029). El promedio de F, F, F y F fue de 0.26, 1.65, 2.14 y 3.72 para IS y 0.22, 0.61, 0.75 y 1.58 para PS, evidenciando así una alta contribución de la endogamia reciente en la endogamia total. Se detectó una isla ROH con > 30% de incidencia de SNP en ROHs en IS (OAR6; 34,253,440-38,238,124 bp) mientras que no se detectaron islas ROH en PS. Siete genes (CCSER1, HERC3, LCORL, NAP1L5, PKD2, PYURF y SPP1) involucrados en el crecimiento, la ingesta de alimento, la producción de leche, las respuestas inmunitarias y la resistencia se asociaron con la autozigosis encontrada. Los resultados de este estudio representan la primera visión integral sobre la variabilidad genómica de estas dos razas locales de ovejas croatas y servirán como base para establecer la estrategia más prometedora de Selección de Contribución Óptima Genómica.