Este estudio evalúa cuatro cepas novedosas como probióticos para mejorar la utilización de piensos a base de plantas en la acuicultura de carpas. Dos preparaciones basadas en dos pares de cepas sinérgicas mejoraron significativamente el aumento de peso de las carpas cuando se añadieron al alimento en las primeras etapas de la vida de los peces, y el análisis genómico confirmó que estas bacterias tienen las características necesarias para sobrevivir en el intestino de los peces, como resistencia a las enzimas gastrointestinales y al medio ácido; para ayudar a digerir los alimentos, mientras tienen actividad enzimática que promueve la descomposición de componentes complejos de las plantas; y combaten microbios dañinos al producir sustancias antimicrobianas. No se produjeron cambios significativos en la expresión génica en los juveniles, aunque una de las dos preparaciones moduló transitoriamente los perfiles de expresión de alevines. Los resultados indican que el mecanismo de acción de estos probióticos está mediado principalmente por su actividad enzimática. Más allá de caracterizar probióticos novedosos para la acuicultura, este trabajo identifica marcadores genéticos para la selección de cepas probióticas potenciales en el futuro.