Identificación y caracterización a nivel genómico de la familia de desacetilasas de histonas (HDAC) en respuesta a múltiples estrés abióticos
Autores: Chen, Junyu; Ying, Yuxin; Yao, Lingtiao; Xu, Zhangting; Yu, Zhenming; Kai, Guoyin
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación y caracterización a nivel genómico de la familia de desacetilasas de histonas (HDAC) en respuesta a múltiples estrés abióticos
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Planta
Medicina tradicional china
Tanshinonas
ácidos fenólicos
ácidos salvianólicos
Proteínas desacetilasa de histonas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 16
Citaciones: Sin citaciones
es una planta comúnmente utilizada en la medicina tradicional china. Sus bases materiales para tratar enfermedades son los tanshinonas y los ácidos fenólicos, incluidos los ácidos salvianólicos. Las proteínas desacetilasas de histonas (HDACs) son una clase de enzimas funcionales específicas que interactúan con grupos de acetilación en la lisina N-terminal de las proteínas de histona, regulando aún más la transcripción génica a través de cambios estructurales a nivel de la cromatina. Las HDACs están involucradas en el crecimiento y desarrollo de varias plantas, y son inducidas por hormonas vegetales para regular el ambiente interno de las plantas para resistir el estrés, al mismo tiempo que afectan la acumulación de algunos metabolitos secundarios. Sin embargo, el papel de las SmHDACs en la acumulación de ácido salvianólico sigue siendo incierto. En este estudio, se identificaron 16 genes de SmHDACs a partir del genoma de alta calidad, y se predijeron sus propiedades fisicoquímicas. En árboles filogenéticos co-construidos con proteínas HDACs de otras plantas, las SmHDACs se dividieron en tres subfamilias, cada una con un motivo similar y composición de dominio conservado. La distribución de las tres subfamilias es similar a la de las plantas dicotiledóneas. El análisis de localización cromosómica mostró que los genes SmHDACs estaban ubicados de manera aleatoria. El análisis de elementos cis-actuantes predijo que la expresión del gen SmHDACs puede estar relacionada e inducida por varias fitohormonas, como MeJA y ABA. Al combinar el patrón de expresión y la red de coexpresión inducida por fitohormonas, especulamos que las SmHDACs pueden influir aún más en la síntesis de ácido salvianólico, e identificamos a SmHDA5, un gen funcional potencial, y luego especulamos su objetivo aguas abajo basado en la red de coexpresión. En resumen, analizamos la familia de genes SmHDACs y seleccionamos el gen funcional potencial. Desde la perspectiva de la epigenética, propusimos el mecanismo molecular de la hormona vegetal que promueve la síntesis de ácido salvianólico, lo que llenó el vacío en la subdivisión de la desacetilasa de histonas en la investigación, y proporcionó una base teórica para la cultura y transformación de recursos de germoplasma.
Descripción
es una planta comúnmente utilizada en la medicina tradicional china. Sus bases materiales para tratar enfermedades son los tanshinonas y los ácidos fenólicos, incluidos los ácidos salvianólicos. Las proteínas desacetilasas de histonas (HDACs) son una clase de enzimas funcionales específicas que interactúan con grupos de acetilación en la lisina N-terminal de las proteínas de histona, regulando aún más la transcripción génica a través de cambios estructurales a nivel de la cromatina. Las HDACs están involucradas en el crecimiento y desarrollo de varias plantas, y son inducidas por hormonas vegetales para regular el ambiente interno de las plantas para resistir el estrés, al mismo tiempo que afectan la acumulación de algunos metabolitos secundarios. Sin embargo, el papel de las SmHDACs en la acumulación de ácido salvianólico sigue siendo incierto. En este estudio, se identificaron 16 genes de SmHDACs a partir del genoma de alta calidad, y se predijeron sus propiedades fisicoquímicas. En árboles filogenéticos co-construidos con proteínas HDACs de otras plantas, las SmHDACs se dividieron en tres subfamilias, cada una con un motivo similar y composición de dominio conservado. La distribución de las tres subfamilias es similar a la de las plantas dicotiledóneas. El análisis de localización cromosómica mostró que los genes SmHDACs estaban ubicados de manera aleatoria. El análisis de elementos cis-actuantes predijo que la expresión del gen SmHDACs puede estar relacionada e inducida por varias fitohormonas, como MeJA y ABA. Al combinar el patrón de expresión y la red de coexpresión inducida por fitohormonas, especulamos que las SmHDACs pueden influir aún más en la síntesis de ácido salvianólico, e identificamos a SmHDA5, un gen funcional potencial, y luego especulamos su objetivo aguas abajo basado en la red de coexpresión. En resumen, analizamos la familia de genes SmHDACs y seleccionamos el gen funcional potencial. Desde la perspectiva de la epigenética, propusimos el mecanismo molecular de la hormona vegetal que promueve la síntesis de ácido salvianólico, lo que llenó el vacío en la subdivisión de la desacetilasa de histonas en la investigación, y proporcionó una base teórica para la cultura y transformación de recursos de germoplasma.