Los ARN largos no codificantes (lncARN) regulan la expresión génica en organismos eucariotas. La investigación sugiere que los lncARN pueden estar involucrados en la regulación de la eficiencia en el uso de nitrógeno en las plantas. En este estudio, identificamos 1628 lncARN basados en la secuenciación transcriptómica de raíces de arroz bajo tratamiento de bajo nitrógeno (LN) a través de la implementación de un pipeline de bioinformática integrado. Después de 4 horas de tratamiento con LN, 50 lncARN y 373 ARNm fueron significativamente regulados al alza, y 17 lncARN y 578 ARNm fueron significativamente regulados a la baja. Después de 48 horas de tratamiento con LN, 43 lncARN y 536 ARNm fueron significativamente regulados al alza, y 42 lncARN y 947 ARNm fueron significativamente regulados a la baja. Además, se investigó la red de interacción entre los lncARN y ARNm identificados y se caracterizó uno de los lncARN inducidos por LN. Se demostró que regula positivamente la expresión de un gen flavonoide 3-hidroxilasa 5. Se mostró que la sobreexpresión mejora la absorción de nitrógeno y promueve el crecimiento en plántulas de arroz bajo condiciones de LN. Nuestros resultados proporcionan valiosos conocimientos sobre los roles de los lncARN en la respuesta del arroz a la falta de nitrógeno.