Cervidae representa una familia que no solo es rica en diversidad de especies, sino que también exhibe una amplia gama de cariotipos. Las controversias sobre la filogenia y clasificación de Cervidae aún persisten. El floreciente desarrollo de la era genómica ha hecho posible abordar estos problemas a nivel genómico. Aquí, se utilizaron los genomas de nueve especies para explorar la filogenia y los eventos evolutivos cromosómicos de Cervidae. Al realizar comparaciones de genomas completos, identificamos genes ortólogos de copia única en las nueve especies y construimos un árbol filogenético basado en las secuencias de los genes ortólogos de copia única, proporcionando nuevas perspectivas sobre la filogenia de Cervidae, particularmente la relación filogenética entre el ciervo sika, el ciervo rojo, el wapití y el ciervo rojo de Tarim. El análisis de familias de genes reveló contracciones en la familia de genes de receptores olfativos y expansiones en la familia de genes de histonas en ocho especies de Cervidae. Además, se utilizó el análisis de sintecnía para explorar los eventos evolutivos cromosómicos de las especies de Cervidae, revelando seis fisiones cromosómicas durante el proceso evolutivo de Bovidae a Cervidae. Notablemente, se encontraron eventos específicos de fusión cromosómica en cuatro especies de Cervus, y se identificó un evento único de fusión cromosómica en . Nuestro estudio completó aún más la relación filogenética dentro de Cervidae y demostró la viabilidad de inferir la filogenia de especies a nivel de genoma completo. Además, nuestros hallazgos sobre la evolución de las familias de genes y los eventos evolutivos cromosómicos en ocho especies de Cervidae sientan las bases para una investigación integral de la evolución de Cervidae.