El cambio climático está afectando negativamente la cadena de valor del café, con un efecto directo en aproximadamente 100 millones de personas de 80 países. Esto se ha atribuido a la alta vulnerabilidad de las dos especies más comunes y a los eventos climáticos extremos, con aumentos notables e irregulares en los precios del mercado. Teniendo en cuenta la estrecha plasticidad genética de los cultivares de café comerciales, los parientes silvestres y las especies infrautilizadas son recursos genéticos valiosos. En este trabajo, hemos evaluado la ocurrencia de especies para entender el grado de relaciones genéticas entre especies en el país, así como los patrones de diversidad genética, diferenciación y estructura genética. Solo se encontró una especie silvestre, que mostró un alto nivel de separación genética con, basado en análisis de plastidios, así como en análisis de SSR y SNP. Presentaron bajos niveles de diversidad, probablemente relacionados con su naturaleza autógama, mientras que los alógamos presentaron niveles más altos de diversidad y heterocigosidad. El análisis de las vías funcionales basado en SNP sugiere que las vías de señalización de estrés son más robustas en esta especie. Este enfoque novedoso muestra que es vital introducir especies más resilientes y aumentar la diversidad genómica en prácticas adaptadas al clima.